
Возможно, что исследователи из США смогли решить главную проблему современной молекулярной биологии: непосредственное секвенирование единичной молекулы РНК. В последнее время появляется многочисленная информация о роли РНК в клетке не только как участника процесса белкового синтеза, но и как регулятора генов или других процессов.
Флуоресцентно-меченные нуклеотиды связываются с закрепленной молекулой РНК до разрыва виртуального терминатора и добавления очередного комплементарного нуклеотида. (Рисунок из Nature, 2009, DOI: 10.1038/08390)
Определение первичной последовательности расположения азотистых оснований в цепи РНК нельзя реализовать непосредственно: обычно для этого применяется процесс обратной транскрипции – получения на основании РНК комплементарного отрезка ДНК, после чего полученная ДНК подвергается амплификации и секвенируется. Множественные операции, необходимые для проведения такого определения приводят к появлению и накоплению ошибок.
Исследователи из биотехнической компании Helicos, расположенной в Массачусетсе, разработали способ непосредственного секвенирования РНК. Метод основан на закреплении одного из концов РНК с поверхностью и использовании цепи в качестве шаблона для получения комплементарной нити нуклеиновой кислоты с пошаговым вводом нуклеотида за нуклеотидом с одновременным считыванием структуры вводимого нуклеотида.